RStudio не может найти мою библиотеку при запуске

Пару недель назад я задал этот вопрос на форумы поддержки RStudio, но на них не обращалось внимания, поэтому я пытаюсь здесь.

Я использую RStudio 0.97.248 (текущая версия) в Windows 7 и R 2.15.2.

Когда я открываю RStudio, после получения обычной информации о версии R мне выдаются две ошибки:

Error in packageVersion("knitr") : package ‘knitr’ not found  Error in
packageVersion("Rcpp") : package ‘Rcpp’ not found

но я могу без проблем загрузить оба пакета, используя require(). (То есть после ошибок при запуске RStudion я могу ввести require(knitr), и knitr загрузится успешно. Настоящая проблема в том, что я не могу использовать, например, команду Knit HTML в документе R Markdown, даже после ручной загрузки knitr .Если я загружаю knitr с помощью require(knitr), затем открываю новый документ R Markdown (для которого RStudio по умолчанию использует хороший шаблон), сохраняю его и пытаюсь связать HTML, RStudio выдает мне небольшое сообщение об ошибке в верхней части документа R Markdown, которое

Для R Markdown требуется пакет knitr (версия 0.5 или выше).

Я предполагаю, что RStudio не ищет правильные пути к библиотеке.

> .libPaths()
[1] "\\\\gregorp.homedir.nebula.washington.edu/homes/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                               
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

с первой записью, где я могу и устанавливаю пакеты (и находятся мои установки Rcpp и knitr). Я думаю, что у меня та же проблема, что и у этого парня, но обсуждение бессвязно.

Я пробовал добавить строку

.Library.site <- "\\\\gregorp.homedir.nebula.washington.edu/homes/R/win-library/2.15"

в мой Rprofile.site файл в моей R-2.15.2/etc/ папке, но проблема не устранена.


person Gregor Thomas    schedule 07.01.2013    source источник
comment
Что делать, если обновить 2 пакета?   -  person agstudy    schedule 07.01.2013
comment
Что, если вы вытащите RStudio из цикла и запустите R из командной строки?   -  person Spacedman    schedule 07.01.2013
comment
@Spacedman Из командной строки (или R GUI) require(knitr) или require(Rcpp) работает нормально. Даже в RStudion явный ввод этих команд работает нормально. Однако, если я попытаюсь Knit HTML документ R Markdown в RStudio, даже после успешной ручной загрузки knitr с помощью require(knitr), я получаю сообщение об ошибке, что для R Markdown требуется пакет knitr. (Редактирование, чтобы добавить эту информацию к вопросу.)   -  person Gregor Thomas    schedule 07.01.2013
comment
@agstudy Мои пакеты обновлены.   -  person Gregor Thomas    schedule 07.01.2013


Ответы (1)


Я решил начать с чистого листа, переустановил R и RStudio и удалил старую библиотеку.

Рискованный вариант - запуск R (или RStudio) от имени администратора - это позволило мне выполнить установку в библиотеку по умолчанию, что позволяет избежать проблем с использованием отдельной библиотеки.

В более новых версиях RStudio у меня не было проблем с использованием отдельной библиотеки, указав библиотеку сайта в моем файле Rprofile.site.

person Gregor Thomas    schedule 07.01.2013