Доступ к идентификаторам выбросов на графике lme

Я строю объект lme fit в r и получаю идентификаторы выбросов (studyID), отображаемые на графике, но я хотел бы получить доступ к этим идентификаторам автоматически, просматривая их в объекте графика. Я не могу понять, как это сделать. Я провожу много анализов, поэтому было бы полезно иметь возможность делать это автоматически, а не на самом деле смотреть на каждый график для выпадающих идентификационных номеров.

Вот упрощенный пример того, что я делаю:

fit <- lme(dv ~ studyID + Gender + Group * DOP, random=~1|studyID, cor=corSymm(), na.action="na.omit", method="ML", data=x$data)

require (car)

plotObject <- plot(fit, resid(., type = "p") ~ fitted(.) | Group*DOP, abline = 0, id=.05)

Что я хочу сделать, так это получить доступ к некоторому атрибуту plotObject, в котором хранятся номера идентификаторов, используемые для идентификации выбросов на графике, который является результатом оператора plot.

Спасибо.


r plot outliers
person user1895891    schedule 11.12.2012    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
7
arrow_downward

Я не знаю, действительно ли эта информация хранится в объекте графика, но ее достаточно легко вычислить самостоятельно. С 1_:

 id: an optional numeric value, or one-sided formula. If given as
          a value, it is used as a significance level for a two-sided
          outlier test for the standardized, or normalized residuals.
          Observations with absolute standardized (normalized)
          residuals greater than the 1 - value/2 quantile of the
          standard normal distribution are identified in the plot using
          ‘idLabels’.

Так что я бы сказал, что что-то вроде

library(nlme)
fm1 <- lme(distance ~ age, data = Orthodont) # random is ~ age
which(abs(residuals(fm1,type="normalized"))>qnorm(0.975))
## M09 M09 M13 
##  34  35  49 
plot(fm1,id=.05)  ## for comparison

кажется, делает свое дело.

person Ben Bolker    schedule 11.12.2012
comment
Большое спасибо за ответ. Думаю, я не был достаточно предприимчивым, чтобы рассчитать самостоятельно. Спасибо за модель, как отследить подобные решения в будущем и за конкретный ответ на эту проблему! - person user1895891; 12.12.2012