Предполагая, что ваши данные находятся в «atoms.txt», это читает их построчно и разбивает записи на список:

import csv

with open("atoms.txt") as f:
  reader = csv.reader(f)
  for line, in reader:
      entries = line.split()
      print entries

Теперь для каждого списка извлеките нужные столбцы и рассчитайте расстояния и т. д. (Помните, что списки в python отсчитываются от нуля).

В идеале вам следует использовать пакет MDAnalysis для питонического способа "нарезки" атомов и сегментов и расчета мер расстояния между ними. . Фактически, MDAnalysis поддерживает несколько форматов моделирования МД и химической структуры.

Более подробный пример см. также в следующей записи на Biostars.org.

Если вас интересует только одна пара, bash отлично работает. Это сценарий, который я использую, я настроил его на перезапуск в конце (отключите его, если хотите). Он подскажет вам, для какого атома. Файлы PDB могут иметь разные настройки столбцов, поэтому для строки awk убедитесь, что столбцы совпадают. Сделайте тестовый пример вручную перед использованием с новым файлом pdb. Это тривиально, но измените в скрипте мой файл pdb на свой.

#!/usr/bin/env bash

echo " "
echo "Use one letter abbreviations. Case doesn't matter." 
echo "Example: A 17 CA or n 162 cg"

echo " - - - - - - - - - - - - - - - - - -"
#------------First Selection------------

read -e -p "What first atom? " sel1

# echo $sel1
sel1caps=${sel1^^}
# echo "sel1caps="$sel1caps

arr1=($sel1caps)
# echo "arr1[0]= "${arr1[0]}
# echo "arr1[1]= "${arr1[1]}
# echo "arr1[2]= "${arr1[2]}

#To convert one to three letters

if [ ${arr1[0]} = A ] ; then
    SF1=ALA
elif [ ${arr1[0]} = H ] ; then
    SF1=HIS
elif [ ${arr1[0]} = R ] ; then
    SF1=ARG
elif [ ${arr1[0]} = K ] ; then
    SF1=LYS
elif [ ${arr1[0]} = I ] ; then
    SF1=ILE
elif [ ${arr1[0]} = F ] ; then
    SF1=PHE 
elif [ ${arr1[0]} = L ] ; then
    SF1=LEU
elif [ ${arr1[0]} = W ] ; then
    SF1=TRP
elif [ ${arr1[0]} = M ] ; then
    SF1=MET
elif [ ${arr1[0]} = P ] ; then
    SF1=PRO 
elif [ ${arr1[0]} = C ] ; then
    SF1=CYS 
elif [ ${arr1[0]} = N ] ; then
    SF1=ASN
elif [ ${arr1[0]} = V ] ; then
    SF1=VAL
elif [ ${arr1[0]} = G ] ; then
    SF1=GLY 
elif [ ${arr1[0]} = S ] ; then
    SF1=SER 
elif [ ${arr1[0]} = Q ] ; then
    SF1=GLN 
elif [ ${arr1[0]} = Y ] ; then
    SF1=TYR 
elif [ ${arr1[0]} = D ] ; then
    SF1=ASP
elif [ ${arr1[0]} = E ] ; then
    SF1=GLU 
elif [ ${arr1[0]} = T ] ; then
    SF1=THR 
else
    echo "use one letter codes"
    echo "exiting"
    exit
fi

# echo "SF1 ="$SF1

#If there is nothing printing for line 1, check the expression for your pdb file. The spaces may need adjustment at the end.
line1=$(grep -E "${arr1[2]} *?${SF1}(.*?) ${arr1[1]}     " 1A23.pdb)
# echo $line1

ar_l1=($line1)
# echo "ar_l1[1]="${ar_l1[1]}

echo " - - - - - - - - - - - - - - - - - -"
#------------Second Selection------------

read -e -p "What second atom? " sel2

# echo $sel2

sel2caps=${sel2^^}
# echo "sel2caps="$sel2caps

arr2=($sel2caps)
# echo "arr2[0]= "${arr2[0]}
# echo "arr2[1]= "${arr2[1]}
# echo "arr2[2]= "${arr2[2]}

#To convert one to three letters

if [ ${arr2[0]} = A ] ; then
    SF2=ALA
elif [ ${arr2[0]} = H ] ; then
    SF2=HIS
elif [ ${arr2[0]} = R ] ; then
    SF2=ARG
elif [ ${arr2[0]} = K ] ; then
    SF2=LYS
elif [ ${arr2[0]} = I ] ; then
    SF2=ILE
elif [ ${arr2[0]} = F ] ; then
    SF2=PHE 
elif [ ${arr2[0]} = L ] ; then
    SF2=LEU
elif [ ${arr2[0]} = W ] ; then
    SF2=TRP
elif [ ${arr2[0]} = M ] ; then
    SF2=MET
elif [ ${arr2[0]} = P ] ; then
    SF2=PRO 
elif [ ${arr2[0]} = C ] ; then
    SF2=CYS 
elif [ ${arr2[0]} = N ] ; then
    SF2=ASN
elif [ ${arr2[0]} = V ] ; then
    SF2=VAL
elif [ ${arr2[0]} = G ] ; then
    SF2=GLY 
elif [ ${arr2[0]} = S ] ; then
    SF2=SER 
elif [ ${arr2[0]} = Q ] ; then
    SF2=GLN 
elif [ ${arr2[0]} = Y ] ; then
    SF2=TYR 
elif [ ${arr2[0]} = D ] ; then
    SF2=ASP
elif [ ${arr2[0]} = E ] ; then
    SF2=GLU 
elif [ ${arr2[0]} = T ] ; then
    SF2=THR 
else
    echo "use one letter codes"
    echo "exiting"
    exit
fi

# echo "SF2 ="$SF2


line2=$(grep -E "${arr2[2]} *?${SF2}(.*?) ${arr2[1]}     " 1A23.pdb)
# echo $line2

ar_l2=($line2)
# echo "ar_l2[1]="${ar_l2[1]}
# echo "ar_l2[1]="${ar_l2[1]}

atom1=${ar_l1[1]}
atom2=${ar_l2[1]}
echo "==========================="
echo ${arr1[0]}${arr1[1]}${arr1[2]}" to "${arr2[0]}${arr2[1]}${arr2[2]}":"
# 6, 7, 8 are column numbers in the pdb file. 
# If there are multiple molecules it should be 7, 8, 9.
awk '$2=='$atom1'{x1=$7;y1=$8;z1=$9}                                 # get the ATOM 1
     $2=='$atom2'{x2=$7;y2=$8;z2=$9}                               # get the ATOM 2
     END{print sqrt((x1-x2)*(x1-x2) + (y1-y2)*(y1-y2) + (z1-z2)*(z1-z2))}' 1A23.pdb    # calculate the distance.

echo "Angstroms"
echo "==========================="
echo " "
echo "-_-_-_-_Running Script Again_-_-_-_-"
./distance_soln.sh

Простой код Python может сделать эту работу. Я предположил, что все ваше содержимое находится в файле "input.txt".

def process(line1, line2):
    content1 = line1.split()
    content2 = line2.split()
    x1, y1, z1 = float(content1[6]), float(content1[7]), float(content1[8])
    x2, y2, z2 = float(content2[6]), float(content2[7]), float(content2[8])
    distance = math.sqrt(math.pow(x1-x2, 2) + math.pow(y1-y2, 2) + math.pow(z1-z2, 2))
    return content1[3]+"-"+content2[3]+" "+ "{0:.2f}".format(distance)

with open("input.txt") as f:
    line1 = f.readline()
    for line in f:
        line2 = line
        print(process(line1, line2))
        line1 = line2

Пожалуйста, дайте мне знать, если вы обнаружите какие-либо несоответствия или проблемы при использовании этого скрипта.