Безопасный FTP с org.apache.commons.net.ftp.FTPClient

Вы можете использовать org.apache.commons.net.ftp. FTPSClient вместо org.apache.commons.net.ftp. FTPClient, чтобы иметь защищенный ftp http://commons.apache.org/proper/commons-net/apidocs/org/apache/commons/net/ftp/FTPSClient.html.

Во-первых, убедитесь, что вы понимаете разницу между FTPS (Secure FTP) и SFTP:
FTPS по сравнению с SFTP по сравнению с SCP

• Если вам нужен FTPS (также известный как Secure FTP или FTP через TLS / SSL), вы можете использовать _ 1_ class из библиотеки Apache Commons вместо FTPClient.

• Если вам нужен SFTP (через SSH), вам понадобится другая библиотека. См .:
  Как получить файл с сервера через SFTP? или
  Библиотека передачи SFTP для Java.

Попробуйте Java Secure Channel

Он поддерживает SFTP

http://www.jcraft.com/jsch/

Пример можно найти здесь

Apache FTPClient в настоящий момент не поддерживает SFTP. Однако вы можете использовать JSch - Java Secure Channel.

Онкар Джоши подробно рассказывает о библиотеке, используемой для передачи файлов FTP, SFTP и FTPS на Java.

Пример использования JSch для передачи файлов по SFTP выглядит следующим образом:

    ...

private static final Logger logger = Logger.getLogger(YourClass.class.getName());

public boolean sendDataViaSFTP(String contents) throws Exception {
    String hostname = "<FTP hostname/IP>";
    String username = "<FTP username>";
    String password = "<FTP password>";
    String remoteDirectory = "<FTP remote directory>";
    int ftpPort = 22;

    logger.info("***   Creating FTP session.   ***");
    JSch jsch = new JSch();
    Session session = null;
    Channel channel = null;
    ChannelSftp c = null;

    //Now connect and SFTP to the SFTP Server
    try {
        //Create a session sending through our username and password
        session = jsch.getSession(username, hostname, ftpPort);
        logger.info("***   FTP Session created.   ***");
        session.setPassword(password);

        //Security.addProvider(new com.sun.crypto.provider.SunJCE());
        //Setup Strict HostKeyChecking to no so we dont get the
        //unknown host key exception
        Properties config = new Properties();
        config.put("StrictHostKeyChecking", "no");
        session.setConfig(config);
        session.connect();
        logger.info("***   Session connected.   ***");

        //Open the SFTP channel
        logger.info("***   Opening FTP Channel.   ***");
        channel = session.openChannel("sftp");
        channel.connect();
        c = (ChannelSftp) channel;

        //Change to the remote directory
        logger.info("***   Changing to FTP remote dir: " + remoteDirectory + "   ***");
        c.cd(remoteDirectory);

        //Send the file we generated
        try {
            String filename = "myfile.txt";

            logger.info("***   Storing file as remote filename: " + filename + "   ***");

            ByteArrayInputStream bis = new ByteArrayInputStream(contents.getBytes());
            c.put(bis, filename);
            return true;
        } catch (Exception e) {
            logger.info("***   Storing remote file failed. " + e.toString() + "   ***");
            throw e;
        }
    } catch (Exception e) {
        logger.info("***   Unable to connect to FTP server. " + e.toString() + "   ***");
        throw e;
    } finally {
        //
        //Disconnect from the FTP server
        //
        try {
            if(session != null)
                session.disconnect();

            if(channel != null)
                channel.disconnect();

            if(c != null)
                c.quit();
        } catch (Exception exc) {
            logger.severe("***   Unable to disconnect from FTP server. " + exc.toString()+"   ***");
        }

        logger.info("***   SFTP Process Complete.   ***");
    }

}

...

Как насчет того, чтобы попробовать Apache Camel,

http://camel.apache.org/ftp2.html