как зафиксировать файлы, которые я удаляю с помощью rm, а не git rm?

git add кажется не работает для этих удаленных файлов, так как же зафиксировать изменения?

$ git status
# On branch master
# Changes not staged for commit:
#   (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
#   (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
#       deleted:    ci/ci/__init__.py
#       deleted:    ci/ci/settings.py
#       deleted:    ci/ci/urls.py
#       deleted:    ci/ci/wsgi.py
#       deleted:    ci/manage.py
#
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")