Получить значения атрибутов из базы данных GFF3 с помощью bioperl

Я уже создал базу данных GFF3 с объектом хранилища BioPerl (BIO:DB:SeqFeature:Store). Я создал файл GFF3 самостоятельно из результатов Blastx и создал серию собственных тегов в качестве атрибутов. Теперь я бы взял эти значения из базы данных, которую BioPerl создает для меня....

как мне это сделать?

Пожалуйста помоги! Спасибо большое.


bioperl
person Angelo Ulivieri    schedule 24.09.2012    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я обнаружил, что для этого существуют функции в пакете BIO::SeqFeature::Generic. Наиболее полезным является get_tag_values, который возвращает массив с каждым значением, содержащимся в атрибутах с определенным тегом, заданным на входе!

Использование:

my @values= $feature->get_tag_values('go');

Всем пока!

person Angelo Ulivieri    schedule 24.09.2012