Развертывание с помощью capistrano игнорирует настройку группы

насколько я понимаю, вы должны сделать это вручную, что делает установка, так это использовать пользователя для входа в систему, а не для установки прав на каталог.

Я не нашел настройки группы для capistrano, возможно, вы использовали для этого какие-то расширения?

Что вы можете сделать, чтобы изменить это, может быть:

after "deploy:setup", :setup_group
task :setup_group do
  run "chown -R :#{group} #{deploy_to} && chmod -R g+s #{deploy_to}"
end

Но, во-первых, вы не должны использовать root для развертывания, как упоминает @Julian в комментарии, лучше всего использовать отдельного пользователя для этой задачи и установить его группу в правильную группу, тогда это не потребует вышеуказанного задача и будет работать автоматически.

Просто добавлю: в исходном коде Capistrano вообще нет упоминания о :group. Я полагаю, это карго-культовый вариант. А опция :user используется только для SSH-подключения.

Что касается вашего вопроса, каталоги и файлы, которые создает Capistrano, создаются с разрешениями по умолчанию, он никогда не chown их никоим образом; если вы развертываете как root, то они будут принадлежать root:root.

Лучше, чем решить проблему, не иметь ее вообще:

1. Сначала создайте другого пользователя для развертывания (как предлагает Жюльен).
   Допустим, мы назовем его deployer.
2. Затем используйте его для подключения по SSH
   set :user, 'deployer'
3. Наконец, мы не хотим использовать sudo, поэтому отключите его, добавив
   set :use_sudo, false
   к вашему deploy.rb.