Как использовать применение вместо цикла for для функции stringMatch?

Я пытаюсь подсчитать количество попарных различий между длинным списком последовательностей и вернуть его в матричную форму. Это игрушечный пример того, что я хочу сделать.

library(MiscPsycho)
b <- c("-BC", "ACB", "---") # Toy example of sequences
workb <- expand.grid(b,b)
new <- c(1:9)

# Need to get rid of this for loop somehow
for (i in 1:9) {
new[i] <- stringMatch(workb[i,1], workb[i,2], normalize="NO")
}

workb <- cbind(workb, new)
newmat <- reShape(workb$new, id=workb$Var1, colvar=workb$Var2)

a <- c("Subject1", "Subject2", "Subject3") #Relating it back to the subject ID
colnames(newmat) <- a
rownames(newmat) <- a
newmat

Я не очень хорошо знаком с использованием функций применения, но я хотел бы использовать его, чтобы иметь возможность заменить цикл for, который, вероятно, будет медленным, учитывая, что у меня большое количество последовательностей. (Функция stringMatch взята из MiscPsycho). Пожалуйста, подскажите, как сделать его более эффективным!

Большое спасибо!


r for-loop apply string-matching
person Jennifer Collins    schedule 19.06.2012    source источник
comment
Есть ли способ сделать код более эффективным? Различные решения, приведенные ниже, хорошо работают для коротких последовательностей, но у меня есть несколько сотен последовательностей, и я пытаюсь построить для них матрицу попарных разностей, и каждая последовательность имеет одинаковую длину (около 300 символов). Когда я использую приведенный ниже код, на создание матрицы, сравнивающей 20 последовательностей, уходит более получаса...   -  person Jennifer Collins    schedule 08.07.2012

Ответы (3)


arrow_upward
2
arrow_downward

Чтобы получить эти «парные расстояния», я бы сделал что-то вроде:

  Vm <- Vectorize(stringMatch)
  nex <- outer(b,b, FUN=Vm, normalize = "NO")
 nex
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    3    2
[2,]    3    0    3
[3,]    2    3    0
person IRTFM    schedule 19.06.2012
comment
Я думаю об этом только тогда, когда получаю такие сообщения: Error in outer(b, b, FUN = stringMatch) : dims [product 9] do not match the length of object [1] - person IRTFM; 20.06.2012
comment
Большое спасибо!! Это прекрасно работает, и это намного эффективнее, чем то, что было у меня. - person Jennifer Collins; 20.06.2012

arrow_upward
0
arrow_downward

Для замены петли

new <- apply(workb, 1, function(x) stringMatch(x[[1]],x[[2]], normalize="NO"))
person Maiasaura    schedule 19.06.2012
comment
Большое спасибо!! Это то, что я надеялся написать, но я просто запутался в синтаксисе. - person Jennifer Collins; 20.06.2012

arrow_upward
0
arrow_downward

Я бы сделал функцию, которая берет ваш индекс i и возвращает new[i].

myfun <- function(i) {
  stringMatch(workb[i, 1], workb[i, 2], normalize='NO')
}

Затем вы можете apply вдоль нового вектора:

workb$new <- unlist(lapply(new, myfun))

В общем, вы правильно используете for loop в R. Вы заранее выделили вектор new и заполняете его, а не увеличиваете.

person Justin    schedule 19.06.2012