У меня навигация закреплена в верхней части моей страницы, но если по нему прокручивается видео YouTube, встроенное в iframe, оно отображается поверх навигационной панели (а также любого оверлея или модального окна-div).
Пытался установить на нем z-index, но безуспешно.
Я обнаружил, что вы можете установить wmode = "opaque" для встраиваемого объекта, чтобы заставить его работать со старым стилем встраивания Flash, но я бы предпочел работать с HTML 5 и не требовать особых настроек для встраивания видео.