Java читает в одном файле и записывает несколько файлов

На тот случай, если в вашем файле есть специальные символы, возможно, вам следует указать кодировку.

FileInputStream inputStream = new FileInputStream(new File("fileIn.txt"));
InputStreamReader streamReader = new InputStreamReader(inputStream, "UTF-8");
BufferedReader reader = new BufferedReader(streamReader);
int n = 0;
PrintWriter out = new PrintWriter("fileOut" + ++n + ".txt", "UTF-8");
for (String line;(line = reader.readLine()) != null;) {
    if (line.trim().isEmpty()) {
        out.flush();
        out.close();
        out = new PrintWriter("file" + ++n + ".txt", "UTF-8");
    } else {
        out.println(line);
    }
}
out.flush();
out.close();
reader.close();
streamReader.close();
inputStream.close();

Я не знаю, как обнаружить пустую строку.

if (line.trim().length==0) { // perform 'new File' behavior

.. и вывести несколько текстовых файлов.

Делайте то, что делается для одного файла, в цикле.

Вы можете обнаружить пустую строку, чтобы узнать, является ли строка пустой или нет. Например:

if(str!=null && str.trim().length()==0)

Или вы можете сделать (при использовании JDK 1.6 или более поздней версии)

if(str!=null && str.isEmpty())

BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader("test.txt"));
String line;
int empty = 0;
while ((line = br.readLine()) != null) {
if (line.trim().isEmpty()) {
 // Line is empty
 }
}

Приведенный выше фрагмент кода можно использовать для определения того, пуста ли строка, и в этот момент вы можете создать FileWriter для записи в новый файл.

Что-то вроде этого должно делать:

public static void main(String[] args) throws Exception {
        writeToMultipleFiles("src/main/resources/fileIn.txt", "src/main/resources/fileOut.txt");
    }

    private static void writeToMultipleFiles(String fileIn, String fileOut) throws Exception {      

        BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(new File(fileIn))));
        String line;
        int counter = 0;
        BufferedWriter wr = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(new File(fileOut))));

        while((line=br.readLine())!=null){

            if(line.trim().length()!=0){
                wr.write(line);
                wr.write("\n");
            }else{
                wr.close();
                wr = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(fileOut + counter)));
                wr.write(line);
                wr.write("\n");
            }
            counter++;
        }

        wr.close();
    }