Базовый обзор того, что такое DICOM и как их обрабатывать.
Что такое DICOM?
DICOM - это синтаксис передачи клинических сообщений, используемый для обмена медицинскими изображениями между медицинским оборудованием и информационными системами. Слово DICOM является аббревиатурой от слов D igital I maging и CO maging в M лекарствах. Это стандарт передачи данных медицинской визуализации и управления ими. Это широко распространенное средство коммуникации, что позволяет интегрировать медицинские устройства для обработки изображений, такие как сканеры, серверы, рабочие станции и P icture A rchiving и C коммуникационные системы (PACS) от нескольких производителей. Итак, если вы работаете или планируете работать над каким-либо проектом в области технологий здравоохранения в области науки о данных, скорее всего, вы столкнетесь с файлами DICOM.
Этот блог даст базовое понимание DICOM и того, как их обрабатывать, что, как мне кажется, важно для любого инженера / исследователя машинного обучения перед тем, как приступить к проекту.
Что такое файл изображения DICOM?
Файл изображения Dicom является результатом стандарта DICOM. В частности, файлы изображений, соответствующие части 10 стандарта DICOM, обычно называются файлами формата DICOM или просто файлами DICOM и представляются как .dcm.
DICOM отличается от других форматов изображений тем, что группирует информацию в наборы данных. Файл DICOM состоит из наборов данных заголовка и изображения, упакованных в один файл.
Эти данные хранятся в виде длинных серий нулей и единиц, которые мы можем реконструировать как изображение, используя информацию из заголовков файлов. Один медицинский файл пациента в формате DICOM может состоять из нескольких изображений, каждое из которых содержит информацию с высоким разрешением, состоящую из 12–16-битных данных. Следовательно, такие файлы могут быть довольно большими (например, одна цифровая маммограмма может занимать до 35 МБ).
DICOM безопасен?
Защита данных пациентов является высшим приоритетом для любой медицинской организации. Dicom Systems предлагает полное шифрование диска. Полное шифрование диска или раздела - один из лучших способов защитить данные в состоянии покоя. Система Dicom предлагает шифрование для всего исходящего и входящего трафика.
Обработка файлов DICOM
У Python есть отличная, ухоженная библиотека под названием Pydicom , которая представляет собой чистый пакет Python для анализа файлов DICOM.
Библиотеки импорта:
Прочтите файл Dicom с помощью pydicom:
Получите pixel_data DICOM:
Проверка данных пикселей:
В этом конкретном изображении значения пикселей находятся в диапазоне от 0 до 4095, т. Е. 12-битные данные. Следовательно, изображения DICOM содержат в 16 раз больше информации, чем обычное изображение PNG (8 бит; ‹256)
Использованная литература:
[1] DICOM: хранилище мультимедиа и формат файла для обмена мультимедиа
[2] Управление изображениями DICOM: советы и рекомендации для рентгенолога
